.hack//G.U. si svolge in una versione alternativa della Terra nell'anno 2017. Come mostrato nella prima serie di giochi .hack, la "2nd Network Crisis" fu un incidente avvenuto sette anni prima, in cui molti sistemi informatici in Giappone malfunzionavano. Grazie agli sforzi dell'eroe di quei giochi, Kite, l'incidente portò alla nascita di Aura, l'ultima intelligenza artificiale (AI), capace di prendere decisioni per sé. Sotto la guida di Aura, The World, il più popolare gioco di ruolo online massivamente multiplayer dell'epoca, prospera e gli eventi di .hack//Legend of the Twilight si svolgono durante questo periodo di quattro anni. Alla fine del 2014, Aura scompare, provocando il lento decadimento di The World e di Internet nel suo insieme. In risposta, l'azienda che amministra The World, CC Corp, istituisce il "Project G.U." e assegna loro il compito di porre rimedio al problema. Elaborano il "Restore Aura (RA) Plan", nel quale cercano di recuperare i frammenti di Morganna—un'AI che fungeva da "madre" di Aura—e sigillarli all'interno dei personaggi giocanti (PC) di The World. In teoria, questo avrebbe permesso ai programmatori di Project G.U. di manipolare il programma Morganna per ricreare Aura. Solo alcuni giocatori "prescelti" potrebbero controllare questi speciali "Epitaph PC". Dopo aver individuato i candidati per operare gli Epitaph PC, il team procede a testare il RA Plan nonostante le preoccupazioni riguardo alle "anti-esistenze" che potrebbero danneggiare Internet. Il programma fallisce in modo catastrofico e distrugge oltre l'80% dei dati di The World.[9] Invece di tentare di salvare i dati, CC Corp sviluppa The World R:2 e lo rilascia a una nuova generazione di giocatori. Tuttavia, questo nuovo gioco è meno popolare del predecessore e diventa afflitto dai "player killers" (PK), giocatori che prendono di mira altri giocatori per divertimento e sport. Gli Epitaph PC che erano stati persi durante il disastro RA Plan riemergono nella nuova versione, attaccati a determinati giocatori di interesse. Vol. 3: Redemption Redemption Yata viene forzatamente rimosso dal Serpent of Lore dai dirigenti di CC Corp e sostituito con Sakaki, dopo aver promesso a CC Corp di rimuovere la minaccia di AIDA contro le reti maggiori. Sakaki costringe Haseo a partecipare a un torneo PK che è corrotto da AIDA. Haseo non ha scelta se non combattere nel torneo e sconfiggere Sakaki. Più avanti, Haseo e gli altri trovano Yata, che si rivela essere il settimo utente di Epitaph, con Ovan come ottavo. Bo incontra la sorella di Ovan, Aina, il che porta Ovan ad invitare Haseo a un altro combattimento. Haseo va nell'area con G.U. e lo sconfigge. Dopo la battaglia Ovan usa la sua abilità speciale dell'Avatar nota come "The Rebirth" e resetta completamente Internet e la purifica da AIDA. I membri di G.U. sono salvati da Zelkova, leader di Moon Tree, che rivela che le azioni di Ovan hanno fatto svegliare diversi giocatori in coma. Le menti degli altri giocatori in coma giacciono ancora all'interno di The World e Yata scopre una creatura chiamata Cubia che sta cercando di divorare il gioco, provocando la morte di tutti i giocatori. Haseo usa i poteri del suo Avatar per evocare la dea Aura, che suggerisce che la chiave per sconfiggere Cubia sia costituita dagli otto Avatars. Poiché Haseo ha sconfitto tutti gli altri Avatars in battaglia, possiede la chiave per sconfiggere Cubia, che inizia a distruggere The World. Haseo chiede l'aiuto di tutti i giocatori per sconfiggere i resti di Cubia, mentre G.U. e Zelkova localizzano il corpo principale. Affrontando Cubia, Haseo usa tutti i poteri del suo Avatar per distruggere Cubia e viene aiutato dalla misteriosa apparizione di Ovan, di breve durata. Con Cubia distrutto, tutti i restanti giocatori in coma si svegliano, e Haseo incontra di nuovo Shino. Incontrandola, Shino motiva Haseo a essere più onesto sui propri sentimenti, spingendolo a inseguire Atoli, che credeva che Haseo sarebbe rimasto con Shino. Una nuova finale si sblocca completando la missione secondaria Forest of Pain, in cui a Haseo viene concesso il desiderio di avere un'altra conversazione con Ovan; in seguito egli afferma che Ovan tornerà.