La modalità storia in Budokai 3 si svolge su una mappa del mondo chiamata Dragon Universe. Questa modalità consiste in undici personaggi giocabili che si spostano su Earth o Namek durante le quattro saghe principali di Dragon Ball Z: Saiyan Saga, Frieza Saga, Cell Saga e Majin Buu Saga, mentre raccolgono oggetti come denaro, capsule, Dragon Balls o sbloccando altri personaggi da utilizzare nelle altre modalità di gioco. I vari personaggi vengono sbloccati completando un compito richiesto all'interno di Dragon Universe (per esempio, Dr. Gero viene sbloccato sconfiggendo Dr. Gero con Yamcha nell'Androids Saga). Dragon Universe ha un alto livello di rigiocabilità dovuto al fatto che gli eventi del gioco potrebbero cambiare da partita a partita. Ad esempio, nella prima partita di Goku la maggior parte della storia procede come nell'anime. Tuttavia, nelle partite successive, certe scelte possono includere che il combattimento di Goku con Frieza si trasformi in un combattimento con Cooler. Queste scelte possono persino portare a eventi come combattere Broly e Omega Shenron dopo aver affrontato Super Buu. Con undici personaggi disponibili per giocare in Story Mode e varie scelte disponibili per ogni personaggio, Dragon Universe offre un valore di rigiocabilità significativamente maggiore rispetto ai precedenti giochi Budokai.