Basato sul Duel Masters, il gioco di carte collezionabili giapponese, Duel Masters: Sempai Legends ti mette nel ruolo di un kohai (duellista junior). Tuo nonno, un grande Sempai (duellista senior), ti regala una preziosa carta Duel Masters, che presto viene rubata da un misterioso uomo. Ora tocca a te viaggiare verso città e villaggi vicini nella speranza di recuperare la proprietà rubata. Lungo il percorso, affronterai molti avversari nei tornei di Duel Masters con la speranza di diventare un duellista professionista un giorno.