Fatal Frame II è ambientato nella regione immaginaria di Minakami in Giappone. Mentre nel presente del gioco è prevista la costruzione di una diga in una foresta di questa regione, il sito ospita anche Minakami Village (lit. "All God's Village"), un insediamento "[l]ost" dove si svolge la maggior parte del gioco. Il giocatore apprende che Minakami Village fu teatro del "Crimson Sacrifice Ritual", il cui fallimento fece sparire l'insediamento—conseguendo a esso il nome "The Lost Village". Nel presente del gioco esiste una leggenda sul The Lost Village, secondo cui le persone che si perdono nella foresta di Minakami rimarranno intrappolate nel villaggio per sempre. I protagonisti di Fatal Frame II sono Mio e Mayu Amakura, due sorelle gemelle che visitano il loro luogo di gioco preferito nell'infanzia a Minakami prima che venga perso durante la costruzione della diga. L'antagonista principale è lo spirito vendicativo di Sae Kurosawa, l'unica Twin Shrine Maiden sacrificata per il rituale fallito. Desidera riunirsi con la sua sorella gemella Yae, che scambia per Mio, e usa Mayu per cercare di completare il rituale con lei. Altri personaggi includono lo spirito di Itsuki Tachibana, un giovane che anche lui scambia Mio per Yae, ma invece cerca di aiutare lei e Mayu a scappare; e Seijiro Makabe, un folklorista che visitò Minakami Village con un prototipo di Camera Obscura (la stessa fotocamera che Mio usa nel gioco) e il suo assistente, Ryozo Munakata. Makabe in seguito divenne un sacrificio temporaneo per l'Abyss, noto come Kusab. Sebbene la storia di Mio e Mayu si svolga dopo quella di Miku Hinasaki, gli eventi di Minakami Village si svolgono prima di quelli della Himuro Mansion nel gioco originale.