Nella vivace città di Fuyuki, una battaglia segreta infuria tra le ombre. La Holy Grail War, una brutale battaglia royale, mette sette maghi, noti come Masters, l'uno contro l'altro. Ogni Master evoca un formidabile guerriero proveniente da diverse epoche come proprio Servant, tutti in corsa per il premio supremo: il Holy Grail, un artefatto in grado di esaudire desideri. Emiya Shirou, uno studente delle superiori ordinario, guidato da un ferreo senso della giustizia, si ritrova, controvoglia, trascinato in questo conflitto mortale. Una sera, Shirou assiste a una feroce battaglia tra Servant. Il clangore dell'acciaio e il crepitio della magia riempiono l'aria mentre si scontrano. Ferito mortalmente nel caos, Shirou viene salvato dall'enigmatica Tohsaka Rin e dal suo Servant Archer. Nell'estremo tentativo di proteggersi, Shirou evoca accidentalmente il proprio Servant, Saber—un cavaliere nobile e bello con un passato misterioso. Mentre Shirou e Saber navigano nella pericolosa Holy Grail War, stringono alleanze e affrontano numerosi avversari, ciascuno con le proprie ambizioni e segreti. Il legame tra Master e Servant si approfondisce mentre affrontano prove pericolose e scoprono verità nascoste.