La trama di Scars of the War ruota attorno al soldato USN Walter Feng. Quando Huffman Island viene ritenuta pronta per la colonizzazione da parte delle United Nations nel 2065, Feng diventa uno dei primi immigrati dell'isola. Vive a Freedom City, Walter stringe amicizia con due altri bambini - Randy O'Neill e Glen Duval. I tre ragazzi sperimentano in prima persona le realtà della guerra durante lo scoppio del 1st Huffman Conflict nel 2070; Walter e Glen sono letteralmente segnati dai bossoli durante una battaglia in Freedom City. I tre ragazzi furono separati al termine della guerra quando la USN rimpatriò forzatamente Walter e Randy, e Glen fu rimpatriato forzatamente dall'OCU. I tre si riunirono durante un'operazione di mantenimento della pace come soldati dei rispettivi eserciti durante la Huffman Crisis nel 2086. Vedendo Glen pilotare un wanzer, Walter e Randy si iscrivono al programma di addestramento di wanzer dell'USN Army. Con l'aumento delle tensioni tra l'OCU e l'USN a un nuovo picco provocato dall'Incident Larcus, i due uomini si qualificano come piloti di wanzer. Tuttavia, nello stesso giorno in cui si qualificano, Walter e Randy vengono mandati a combattere nella 2nd Huffman Conflict. Durante l'invasione di Freedom City, incontrano Glen nei sobborghi della città e lo sconfiggono. Feng e O'Neill visitano Duval prima che venga inviato in un campo di prigionieri di guerra. Un anno dopo, i tre si fronteggiano di nuovo sul campo di battaglia: questa volta Glen sconfigge facilmente i suoi amici. Tuttavia, invece di mostrare misericordia, Glen uccide Randy all'interno della sua cabina di pilotaggio. Un cessate il fuoco tra l'OCU e l'USN viene dichiarato poco dopo la sua fuga. Traumatizzato dall'esperienza, Walter ripulisce gli alloggi di Randy nel tentativo di andare avanti con la vita. Vedendo un modulo di candidatura per l'unità d'assalto Strike Wyverns, Feng lo firma e intraprende un addestramento intensivo. Supera l'esame e si unisce all'unità, dove incontra il suo vecchio amico Edward Collins e il nuovo comandante Lynn Wenwright (che tra l'altro è la sua dolce metà d'infanzia). Negli anni successivi, Walter partecipa a numerose operazioni militari e inizia a interessarsi ai conflitti in cui è coinvolto. Dalle lotte di Zaftra riguardanti le risorse naturali ai movimenti pro-indipendenza nell'OCU, Feng viene trascinato in una guerra globale tra nazionalismo e globalizzazione che è in corso da decenni. Al centro di questo conflitto c'è il Grimnir – un'organizzazione terroristica finalizzata a destabilizzare le unioni supranazionali e riportare il mondo a un mondo governato da stati-nazione.