Liberamente basato sugli eventi dei primi episodi dell'anime (con alcuni elementi della trama presi dal manga), Edward e Alphonse vengono a conoscenza di un inquietante fenomeno che sta imperversando in Amestris; persone in molte regioni stanno sparendo senza lasciare traccia, presumibilmente rapite da «mostri». A Resembool, Edward e Alphonse incontrano un alchimista enigmatico di nome Jack Crowley e un'entità chiamata Phantom. Sembra che abbiano qualche legame sia con le sparizioni sia con le strane creature note come golem, che compaiono nelle campagne. Quando inviano i fratelli ad indagare su un villaggio afflitto da queste creature, incontrano Arlen Glostner, un archeologo che sta studiando l'antica civiltà di Lebis. Edward e Alphonse presto si dirigono verso le rovine di Siam-Sid, la capitale di Lebis, per scoprire la verità dietro i golem e le misteriose sparizioni.