Dopo gli eventi del film, Duke e Scarlett si recano nell'Artico e liberano Heavy Duty, Ripcord e Snake Eyes dal M.A.R.S Detention Center. Inoltre, combattono la Baroness e la portano al Pit. In Egitto, i Joes scoprono che Cobra sta prendendo l'Apep (Gem), e devono sconfiggere Firefly. Nella giungla, i Joes scoprono che Cobra sta costruendo un edificio simile a una piramide nel bel mezzo della giungla. Da lì, i Joes devono sconfiggere James McCullen (che ora assume l'identità di Destro) sulla terrazza del tetto dell'edificio a forma di piramide. Infine, devono sconfiggere Cobra Commander e Storm Shadow alla base vulcanica del Polo Nord Magnetico.