La minaccia di un'invasione demoniaca spinge il neonato Impero Simba a fondare una scuola di magia chiamata Vara Noir. Con il mondo che si riprende da una guerra devastante, l'Impero usa la scuola per addestrare gli studenti alle vie della battaglia e della magia per prepararsi a qualsiasi minaccia imminente o lontana. Entra Myu, una spazzacamino di tredici anni che pulisce ciminiere e altre aperture piene di detriti. Un giorno, suo nonno le consegna una spada possente e alcuni ducati e le ordina di candidarsi a Vara Noir per un'educazione nelle arti mistiche. Myu sostiene l'esame di ammissione e lo supera a pieni voti. Così entra nell'accademia Vara Noir e parte per un'avventura in cui alla fine aiuterà a salvare il regno. L'ultimo gioco di Idea Factory nella serie Kingdom of Chaos presenta l'esplorazione dei dungeon, l'interazione tra personaggi e un sistema di sintesi degli oggetti in stile Megami-Tensei, in cui oggetti speciali trovati nei dungeon possono essere legati ad armi per aumentare la potenza d'attacco, conferire proprietà, ecc. Le sequenze di interazione sono del tipo punta e clic, in cui domande e risposte vengono enunciate in modo routinario. Originariamente uscito sulla PS2, Gakuen Toshi Vara Noir entra nella libreria della GameCube con nuove sequenze di animazione e aggiornamenti grafici che rinnovano l'avventura per i vecchi e nuovi giocatori.