Il giocatore veste i panni di Prince Pixel del Canvas Kingdom. Tempo fa, il regno fu assediato da un Devil malvagio. Questo Devil fu sigillato da alcuni coraggiosi cavalieri dotati del potere della Graffiti (chiamati Graffiticians). Pixel si imbatte nel sigillo del Devil mentre evita i suoi studi e prende la bacchetta del Graffiti, rompendo il sigillo. Dopo un tentativo della custode del sigillo, Pastel, di insegnare a Pixel a usare la bacchetta, che porta alla liberazione del Devil, Pastel fa sì che Pixel affronti il Devil e ripristini il regno. Lungo il cammino, incontra Tablet, il figlio del Devil, che aiuta Pixel e lo sfida durante tutte le sue avventure. Si fa strada attraverso i primi mondi, sconfiggendo i loro boss e acquisendo le loro chiavi. In rotta verso Palette, la sorella di Tablet, Pastel, viene rapita dall'agente di Palette. Pixel prosegue a farsi strada verso il palazzo di Palette, riaffermando l'amicizia che Pixel ha con Pastel. Pixel poi affronta Palette e la sconfigge. Tuttavia, Tablet sembra essere stato ucciso quando prende un attacco destinato a Pixel. Determinato a fermare il Devil, Pixel attraversa il palazzo del Devil e lo sconfigge, lasciandolo vicino alla sconfitta. Tuttavia, Tablet ruba la bacchetta di Pixel e sconfigge suo padre invece, prima di dichiararsi il nuovo Devil. Pastel dà a Pixel una bacchetta di riserva (ne tiene molte altre dentro di sé). Pixel sconfigge Tablet e gli crea un nuovo corpo. Pixel poi impedisce a Pastel di risigillare il Devil, il che significherebbe che anche Pastel sarebbe sigillata insieme a lui. Il Devil scappa ancora una volta, sebbene ora gravemente indebolito. Pixel accetta di lasciare che il Devil si ristabilisca se egli riuscirà a restaurare il regno nel miglior modo possibile. La scena finale mostra Palette che imperversa per la città prima di essere sconfitta fuori campo da Pixel e Tablet.