Ryudo è un mercenario, noto come Geohound, ed è ingaggiato dalla Chiesa di Granas per scortare Elena, una Cantatrice di Granas, alla Torre di Garmia per una cerimonia. All’arrivo gli viene chiesto di aspettare mentre eseguono il rituale. Tuttavia, sente un urlo e corre al piano più alto. Vedendo tutti morti ed Elena con un paio di ali, la salva e i due tornano al villaggio di Carbo. Nel villaggio, il sacerdote chiede a Ryudo di scortare Elena allo Stato Papale di St. Heim per chiedere al Papa Zera di aiutarla a purificarsi dalle Ali di Valmar, uno dei vari frammenti di Valmar, che ora la possiedono. Prima che possa rifiutare l’incarico, il villaggio è attaccato da una misteriosa donna alata, che affronta e sconfigge Ryudo in battaglia. Lei si presenta come Millennia e scompare. La mattina seguente, Ryudo accetta l’incarico e parte per St. Heim insieme a Elena. Nella città di Agear, Millennia riappare di nuovo, questa volta più amichevole, e si allea con Ryudo. Rivelandosi accidentalmente come le Ali di Valmar e che è in possesso di Elena, condividendo il proprio corpo come un essere separato. Il gruppo, infine raggiunto da Roan e dall’uomo-bestia Mareg, incontra ulteriori frammenti di Valmar, che Millenia assorbe dopo averli sconfitti.
Quando il gruppo arriva allo Stato Papale di St. Heim, Elena incontra il Papa Zera, che desidera parlare con Ryudo. Il Papa chiede che trovi il leggendario Granasaber, arma impugnata da Granas che fu usata per sconfiggere Valmar. Ryudo acconsente malvolentieri e il gruppo si dirige verso la terra natale di Roan, Cyrum. All’arrivo, il gruppo riposa nell’osteria mentre Roan parte. La mattina seguente, si scopre che Roan è il principe, e che gli abitanti di Cyrum un tempo aiutarono Valmar contro Granas nella antica guerra. Il gruppo entra nel castello e trova la Porta delle Tenebre aperta e scopre una vecchia fabbrica sotto il castello. Incontrano le Artigli di Valmar e, più tardi, Melfice di nuovo nel castello. Melfice è il fratello di Ryudo e l’uomo che Mareg cerca, che fugge dopo aver sconfitto il gruppo in battaglia, dicendo a Ryudo di affrontarlo a casa. Roan viene incoronato re e decide di restare a Cyrum, per incoraggiare il suo popolo a credere che il passato non determina il loro futuro. Tio, l’essere posseduto dalle Artigli e un’Automata, si unisce al gruppo dopo essere stato salvato.
Il gruppo arriva al villaggio di Garlan, paese natale di Ryudo, in barca, e Ryudo viene immediatamente rimproverato per essere tornato e costretto a partire. Rende noto che Melfice è tornato e che intende ucciderlo per porre fine al suo tormento sul mondo. All’osteria, una Skye travestita rivela ad Elena la storia di Ryudo. Garlan una volta era un villaggio di spadaccini, con Melfice al meglio. Tuttavia, una notte, durante una tempesta, l’idolo tra le colline divenne inquieto, così gli abitanti mandarono Reena, fidanzata di Melfice, a pregare sull’altare. Non tornò, e Melfice indagò, seguiti segreti da Ryudo. Nel santuario, Ryudo assistette all’omicidio di Reena da parte di Melfice. Ryudo fuggì dal paese e rimase lontano per tre anni, facendo credere agli abitanti che li avesse abbandonati, da qui il loro disprezzo. Al mattino, il gruppo risale la montagna per confrontarsi con Melfice. Sulla vetta, sconfiggono Melfice, che in seguito si riconcilia con Ryudo e informa il gruppo sulla posizione del Granasaber prima di morire. Mentre Ryudo è in lutto, Le Corna lo possiedono, facendolo perdere conoscenza. All’osteria, Elena chiede aiuto a Millennia, ma lei inizialmente rifiuta. Tuttavia cede e usa i suoi poteri per sigillare Le Corna dentro Ryudo, che si risveglia con un rinnovato senso dello scopo. Ma Elena insinua dubbi su Granas, poiché fu Valmar a salvare Ryudo.
Il gruppo si dirige verso Nannan, paese natale di Mareg, vicino al luogo del Granasaber. Nel villaggio, Mareg è lodato per la sua missione riuscita e al gruppo viene informato della posizione del Granasaber: all’interno di un gigantesco ciclone a est. Il gruppo viaggia lì e disattiva la tempesta artificiale, rivelando il Granasaber. Tuttavia, Selene, la Gran Sacerdotessa, appare e sacrifica un Cavaliere della Cattedrale per riportare in vita il Corpo di Valmar intorno al Granasaber, ma il gruppo entra nel corpo e lo distrugge. Tio rivela che il Granasaber è una nave, teletrasportando il gruppo all’interno e guidando la gigantesca spada di ritorno a St. Heim. Il Giorno delle Tenebre arriva, e il gruppo assiste al massacro dei Cavalieri della Cattedrale che perseguitano i cittadini, e li distruggono. Elena rivela la sua vera missione: assorbire i frammenti di Valmar affinché possano essere distrutti dal Granasaber. Nella Cattedrale, Selene si trasforma nel Cuore di Valmar e il gruppo lo distrugge. Raggiungono Zera, che rivela la verità: che Valmar fu vittorioso nella battaglia contro Granas, che fu ucciso. Dichiara le sue intenzioni di far rivivere Valmar utilizzando Elena, e la rapisce verso la Luna di Valmar.
Il gruppo usa il Granasaber per raggiungere la luna e salvare Elena. Un Mareg ferito in seguito si sacrifica per permettere al gruppo di fuggire dalla luna. Atterrando vicino a Cyrum, ora assediata da mostri provenienti dalla luna, il gruppo si riunisce con Roan e difende la città. Presto, la Luna di Valmar si schianta sulla Cattedrale di Granas e compare il nuovo Valmar. Sfortunatamente, il gruppo si ritrova senza mezzi per sconfiggerlo. Roan propone di viaggiare verso il vicino Luogo di Nascita degli Dei per avere risposte, che rivela molto sulla antica guerra e sulle origini di entrambi gli dei. Incontrando un’altra Automata chiamata Elmo, Ryudo decide di affrontare le Corna dentro di sé ed è colpito da molte prove. Tuttavia, supera le sue paure e insicurezze e ottiene il vero Granasaber. Il gruppo affronta Valmar ed entra nel suo corpo. All’interno, sono fronteggiati da Zera, che li attacca prima di inviare una falsa Millennia al loro inseguimento. Il gruppo di Ryudo è vittorioso, e la vera Millennia, ora separata da Elena, si unisce a loro. Zera divide il gruppo e lancia un attacco finale contro Ryudo, Elena e Millennia. Li sconfigge e distrugge Valmar per sempre, restituendo la pace al mondo.
Il finale mostra i vari personaggi un anno dopo la sconfitta di Valmar. Roan è ancora re e intraprende un viaggio per trovare i suoi amici. Tio è diventato un’infermiera a Cyrum, Millennia è un’insegnante e Elena gira il mondo come cantante in una troupe. Altrove, Ryudo ripone il Granasaber e torna nel mondo.