Il Dottor Gordon Freeman arriva in ritardo al lavoro alle 8:47 del mattino nel Black Mesa Research Facility, utilizzando l'avanzato sistema tranviario di Black Mesa che attraversa l'impianto. Arriva all'Anomalous Materials Lab, il suo luogo di lavoro, e viene informato dall'ufficiale di sicurezza che gli scienziati hanno oggi un esperimento speciale, quindi va nello spogliatoio e indossa la tuta di protezione. Si dirige ai livelli inferiori del laboratorio e arriva all'Anti-Mass Chamber, dove gli viene detto che il campione da utilizzare quel giorno è il più raro e anche il più instabile. Gli viene affidato il compito di spingere il campione nel fascio di scansione dell'Anti-Mass Spectrometer per l'analisi. Tuttavia, non appena lo spinge, esplode, provocando una catastrofe improvvisa chiamata cascata di risonanze, aprendo un portale tra la Terra e una dimensione chiamata Xen. Freeman viene apparentemente teletrasportato su un pianeta alieno e intravede varie forme di vita aliene, tra cui un cerchio di Vortigaunts, poco prima di perdere conoscenza.