Nel mezzo di una tempesta ecologica, i Sky Pirates attaccano l'Hellcat, costringendo Jak a respingere gli aggressori che si arrampicano sulla nave partendo dalla Phantom Blade, una grande nave pirata. Keira riesce a far cadere uno dei pirati dalla nave, mentre Jak è impegnato in una lotta a pugni con l'altro, noto come Captain Phoenix. Jak perde e cerca di trasformarsi in Dark Jak, ma non riesce a farlo a causa dell'instabilità ecologica, provocando così un grande dolore. Phoenix assiste al tentativo di Jak di trasformarsi, affermando che ci sono altre persone come Jak e si prepara a sparargli per ucciderlo. A questo punto Daxter riesce a scacciare Phoenix sparando contro di lui con la mitragliatrice di coda dell'Hellcat, ma spara anche contro la propria nave, provocando una perdita di carburante, costringendo Keira ad atterrare di emergenza sull'Isola Brink.