Durante l'era dell'esplorazione spaziale, una fazione di umani colonizzò il pianeta Helghan. Per sopravvivere nell'ambiente ostile, queste persone si sono mutate al punto da non essere più umani. Hanno sviluppato un odio acceso nei confronti dell'umanità e, infine, formarono Helghast Empire, attaccando il pianeta Vekta controllato dall'Interplanetary Strategic Alliance (ISA). Mentre i soldati Helghast invadono il perimetro del pianeta, le forze ISA cercano di mantenere la posizione e trovare un modo per fermarli.