Il gioco è ambientato in un'epoca di colonizzazione dello spazio in cui l'Impero Helghan si è ripreso dalla sconfitta nella Prima Guerra Extrasolare e ha lanciato una blitzkrieg contro il pianeta colonia ISA esterno, Vekta. Le piattaforme orbitali di Difesa Strategica (DS) di Vekta fallirono durante l'assalto iniziale, permettendo agli Helghast di sbarcare sulla superficie sciami di soldati. Questo rende la situazione ancora più difficile per le forze ISA in inferiorità numerica. Nel gioco, gli Helghast sono una fazione di discendenti umani che colonizzarono il pianeta Helghan molte generazioni fa. L'ambiente ostile del pianeta costrinse gli Helghast ad adattarsi e mutare al punto da non poter più essere considerati umani. Sono più forti, più veloci e più resilienti dei loro cugini, e possiedono un ardente odio per l'umanità. Tranne per un piccolo numero di Helghast di sangue ibrido, i pochi comandanti nati nell'élite sociale e alcuni soldati addestrati, tutti richiedono una maschera antigas e un serbatoio di trattamento dell'aria che crea aria simile a quella dell'atmosfera del pianeta Helghan per lunghi periodi lontano dal pianeta. Impreparati, in inferiorità numerica e di fuoco, l'unica speranza di Vekta risiede in un'élite unità composta da quattro soldati che cambierà le sorti della guerra. Mentre la guerra culminante imperversa su Vekta, Templar si allea con le truppe ai margini di Vekta City, respingendo disperatamente ondate infinite di attacchi assedianti delle forze Helghast imperiali, ma vengono infine spinte in una ritirata difensiva.