Sono state aggiunte diverse nuove scene. La prima, mostrata dopo che Sora combatte Leon a Traverse Town, mostra Riku perso nell'Hollow Bastion, che chiama i suoi amici e Maleficent che osserva. Un'altra scena, mostrata dopo che Sora parla a Kairi nel canale sotterraneo di Traverse Town, mostra Riku perso nel Realm of Darkness dopo che Ansem, Seeker of Darkness gli ha preso il corpo. Lì è assistito da King Mickey che rivela di possedere la Keyblade del regno. Nessuna di queste scene utilizzava nuove tracce audio e invece i sottotitoli erano visualizzati su uno schermo nero. Una scena opzionale era uno scontro tra Cloud e Sephiroth, visto dopo che il giocatore ha sconfitto Sephiroth. Le scene erano fornite per l'Unknown, utilizzando doppiaggio ritagliato per Sora e Goofy, ma testo tremolante su uno schermo nero per l'Unknown. Una scena minore è stata aggiunta anche all'inizio del gioco, nel secondo giorno su Destiny Islands, dove si scopre che il talismano fortunato che Kairi ricava dalle Thalassa Shells è l'Oathkeeper che poi dà a Sora.