Il giocatore assume il ruolo di un giovane cacciatore di tesori che ha appreso dell'esistenza di una rovina antica, piena di tesori, situata sotto Kamiyoshi Academy a Shinjuku, Tokyo. Entrando nella scuola come uno studente trasferito fasullo, il suo vero obiettivo è esplorare queste rovine e scoprire i tesori (e gli OOPArts) che custodiscono. Tuttavia, non è un compito semplice: le rovine si rivelano essere una piramide egizia antica capovolta, custodita da trappole e da mostri secolari della mitologia giapponese – e il consiglio studentesco della scuola, che è più di quanto appaia a prima vista, è altrettanto determinato a ostacolare l'impresa. La storia è raccontata come in un anime: divisa in «episodi», ognuno dei quali inizia e termina con le stesse sequenze di apertura e chiusura, e contiene sottotrame separate legate a ciascun episodio.