Defiance continua da dove era terminato Soul Reaver 2. In Soul Reaver 2, Kain salvò la vita di Raziel estraendo il Soul Reaver da lui; Raziel era destinato ad entrare nella lama e diventare la sua metà spettrale divoratrice di anime. Questo provoca un paradosso che peggiora il tempo e separa Kain e Raziel. La parte di Kain del gioco lo vede in cerca di Moebius the Time Streamer, un mistico viaggiatore nel tempo in cerca di risposte su dove sia Raziel, come abbia cambiato il tempo, e in seguito seguire una pista che Moebius gli fornisce per esplorare una cittadella vampirica. Durante la sua ricerca, Kain trova e completa un talismano frammentato di costruzione vampirica noto come l'Emblema dell'Equilibrio. Kain scopre affreschi durante la sua ricerca che descrivono una guerra antica tra i primi popoli a abitare Nosgoth, gli Antichi vampiri e gli Hylden. Dopo aver sigillato gli Hylden in una dimensione alternativa usando i Pilastri di Nosgoth, gli Hylden maledissero gli Antichi con sete di sangue, sterilità e immortalità, trasformandoli nei primi vampiri. Poiché possiede il Soul Reaver raffigurato, Kain arriva a credere di essere il campione vampiro profetizzato. L'esito della battaglia tra i due campioni rimane ambiguo.