La storia inizia quando tu (il personaggio principale - questo personaggio non viene mai mostrato o dotato di un nome di default per mantenere l'atmosfera in seconda persona del gioco, tuttavia è implicato che il personaggio invisibile sia un giovane ragazzo) ti svegli nel cortile di qualcuno e vedi un Pengel. Una voce misteriosa ti dice che puoi usare il Pengel per disegnare qualsiasi cosa tu voglia, e che la forma diventerà il tuo compagno nella tua missione. Disegni una forma semplice per diventare il tuo primo Doodle, tuttavia il Doodle cade da una scogliera e viene salvato da una ragazza. Poi scappa. Dopo averti redarguito, la ragazza si presenta come Zoe, poi presenta suo fratello adottivo, Taro. Ti porta all'arena dove si tiene un torneo e ti insegna a duellare. Vinci, e Zoe si arrabbia con i guardiani del regno per aver preso una parte del Color che hai vinto come tassa. Viene rivelato che il Re che governa gli umani è corrotto e cerca di costringere persone dal cuore puro a disegnare Doodles per lavorare per lui. Uno dei suoi migliori Doodlers, Galileo (che è il padre di Zoe e Taro), è scomparso e il re ha cercato vendetta togliendo a Zoe e Taro la loro patria. Zoe e Taro non sanno dove sia andato Galileo, e hanno cercato il loro padre gettando note in una bottiglia nell'oceano. Devi partecipare a tornei per ottenere i soldi di cui Zoey e Taro hanno bisogno per pagare il mutuo sulla loro Patria, aiutarli a cercare il loro padre e, infine, sconfiggere il Doodle King stesso.