Alla fine del 21XX, le Maverick Wars continuano senza fine all'orizzonte. Per sfuggire al massacro, gli umani hanno iniziato a migrare verso la Luna come parte di un'iniziativa nota come il "Jakob Project", che prevede un ascensore orbitale costruito nelle Isole Galapagos. Una notte, mentre X è in pattuglia, uno degli ascensori si stacca e precipita sulla Terra. Quando X si avvicina all'ascensore, le porte si aprono, rivelando un intero esercito di Sigmas. All'improvviso arriva una Reploid dai capelli viola e si presenta come Lumine, il direttore del Jakob Project. Rivela che la "Sigma army" non è ciò che sembra; in realtà sono Reploids di nuova generazione creati come parte del progetto, immuni ai virus e in grado di utilizzare dati di copia del DNA per cambiare le loro forme e apparenze per contribuire allo sviluppo dello spazio.