Metal Gear Solid 3: Subsistence prosegue la tradizione della serie Metal Gear Solid delle edizioni internazionali potenziate rilasciate in seguito. La componente multiplayer online di Subsistence, intitolata Metal Gear Online, è composta da cinque modalità di gioco in stile torneo, ognuna con una capienza massima di otto giocatori. Questa modalità mette i giocatori, ognuno nei panni di un soldato generico, gli uni contro gli altri in battaglie deathmatch e varianti di cattura della bandiera, usando scenari, oggetti, manovre e unità (come KGB, GRU o Ocelot Unit) presenti nel gioco principale.