Myself; Yourself è ambientato nel 2007 nella fittizia città di Sakuranomori nella W Prefecture (che è modellata sulla Wakayama Prefecture, Japan). La città si trova in una zona tranquilla, rurale, sulla punta meridionale della prefettura e confina con il Pacific Ocean. Sakuranomori è la città natale di Sana Hidaka, un sedicenne liceale, che è cresciuto insieme ai suoi amici d'infanzia Nanaka Yatsushiro e Aoi Oribe, al suo migliore amico Syusuke Wakatsuki e alla sorella gemella di Syusuke, Syuri Wakatsuki. Sana lasciò Sakuranomori quando aveva undici anni, ma torna cinque anni dopo, vivendo da solo nell'edificio di appartamenti gestito dalla famiglia di Aoi. Sana presto scopre che, sebbene alcune cose siano rimaste le stesse, ce ne sono altrettante che sono cambiate.