Il gioco si apre con SpongeBob che scopre che Plankton sta conquistando Bikini Bottom con gigantesche macchine aspiratrici. Goddard esce da un portale dietro la casa di SpongeBob e gli mostra un messaggio proveniente da Jimmy Neutron. Seguendo Goddard attraverso il portale, incontra Jimmy Neutron, Timmy Turner e Danny Phantom nel laboratorio di Jimmy. Jimmy ricopre SpongeBob di umidità auto-rigenerante per impedirgli di disidratarsi. Jimmy spiega che la sua ultima invenzione, l’Universe Portal Machine, è stata copiata dal Professor Calamitous, che ha formato uno Syndicate con Plankton, Vlad Plasmius e Denzel Crocker, e che stanno già rubando energia dai loro mondi. Gli eroi cercano di teletrasportarsi a Casper High, ma arrivano nel castello di Vlad, dove egli rivela che il suo portale dei fantasmi sta aspirando energia dalla Ghost Zone e ha catturato i genitori di Danny. Vlad mette fuori combattimento il gruppo e li imprigiona nel Ghost Zone Prison. Fanno amicizia con il Box Ghost; gli eroi scappano dopo aver sconfitto Walker. Danny conduce gli eroi al portale fantasma dei Fenton Works e incontrano Sam Manson e Tucker Foley. Al loro ritorno al castello, la banda distrugge i generatori del portale. Danny possiede suo padre e usa i suoi Ghost Gauntlets per pestare Vlad, ma alla fine riesce a fuggire. Gli eroi quindi si dirigono verso Bikini Bottom, usando la gomma d’aria di Jimmy per respirare sott’acqua. Sandy Cheeks li invia ai Jellyfish Fields per incontrare Patrick Star, ma viene risucchiata in un raccoglitore di meduse. Dopo aver distrutto i raccoglitori, il gruppo si ritrova sulla nave del Flying Dutchman. Danny lo persuade a lasciarli andare in cambio del ritorno dei suoi vecchi membri dell’equipaggio. Arrivati al Chum Bucket, liberano Patrick e le meduse. Sul tetto, combattono contro Plankton, che pilota un gigantesco granchio robotico, per salvare Mr. Krabs, e scoprono che i cattivi hanno estratto energia per alimentare una Macchina dell’Apocalisse. A Dimmsdale, gli eroi infiltrano e disattivano l’alimentazione della fortezza dorata di Crocker. Poi si dirigono verso Fairy World, dove incontrano Jorgen von Strangle, liberano le fate e sconfiggono Crocker, che pilota un esoscheletro a The Big Wand. Il gruppo torna quindi al laboratorio di Jimmy e incontra Cindy Vortex. Jimmy si rende conto che Calamitous ha piazzato un flea-bot in Goddard per spiarlo. Gli eroi usano il raggio di riduzione di Jimmy per trasformarsi in miniatura ed entrare in Goddard, sconfiggere il flea-bot e hackerarlo per localizzare la tana di Calamitous. Gli eroi sconfiggono lo Syndicate, e SpongeBob stacca la spina dalla Macchina dell’Apocalisse. Con Calamitous in prigione, Jimmy dà agli eroi ciascuno un Neutronic Recaller in caso di un futuro incidente, e si separano.