Phantom Brave è un gioco di ruolo strategico ambientato nel mondo di Ivoire. Ivoire è costituito da vasti mari e numerose isole; un tempo era un luogo pacifico, ma ora una forza antica (e potente) minaccia la vita nelle varie terre. Il personaggio che controlli nel gioco è Marona, una ragazza orfana di 13 anni. Marona ha la capacità di comunicare con fantasmi, una dote che provoca molto risentimento negli altri ma che la aiuterà ad avventurarsi nel mondo e a risolvere i problemi che si stanno verificando. Un fantasma chiamato Ash funge da guardiano di Marona; man mano che il gioco progredisce, altri fantasmi si uniranno al tuo gruppo, ognuno dei quali ha abilità diverse. Il gioco presenta un sistema di combattimento a turni. Durante gli scontri, Marona è in grado di attaccare da sola i nemici, e può anche evocare fantasmi nel suo gruppo per aiutarla. Per evocare i fantasmi, dovrai confinarli in un oggetto sullo schermo (come una roccia o un albero). Una volta rinchiusi in un oggetto, potrai controllare il fantasma in battaglia, anche se i fantasmi rimangono controllabili solo per un numero limitato di turni. L’oggetto in cui confini un fantasma influenzerà le sue abilità; ad esempio, una roccia potrebbe rendere un fantasma più forte ma muoversi più lentamente. Sconfiggendo nemici in battaglia guadagni punti esperienza che ti permettono di salire di livello e diventare più potente.