Princess Princess è una storia che ruota attorno alle vite di tre ragazzi scelti per vestirsi da ragazze nella scuola maschile che frequentano, che peraltro è anche la scuola più prestigiosa della zona. Il protagonista principale, Toru Kouno, si è appena trasferito in una nuova scuola maschile, Fujimori, dopo aver vissuto con suo zio per un po'. È uno di quei ragazzi scelti per essere uno degli Hime (姫?) o delle "Principesse", una tradizione della scuola volta a spezzare la monotonia di una vita circondata solo da maschi. Gli studenti (in base a determinate qualifiche) sono selezionati come Principesse e sono costretti a vestirsi da ragazze e a partecipare a eventi scolastici come questo. All'inizio della storia ce ne sono già due di queste Principesse, Yuujiro Shihodani e Mikoto Yutaka, note rispettivamente come la Principessa Occidentale e la Principessa Orientale, a causa della posizione delle loro stanze. Toru viene convinto ad diventare una Principessa poco dopo aver iniziato la scuola; una volta accettato il ruolo, lo trova molto più divertente di quanto pensasse.