Shuji e Chise sono due normali studenti delle scuole superiori che iniziano a frequentarsi dopo che Chise confessa il suo amore. Tuttavia, Chise è molto timida e Shuji è insensibile: nessuno dei due sa esprimere i propri sentimenti molto bene, ma hanno davvero dei sentimenti l'uno per l'altro. Un giorno, mentre Shuji fa shopping a Sapporo, bombardieri sconosciuti attaccano la città in pieno giorno. Lui e i suoi amici corrono a cercare rifugio, ma notano un oggetto volante veloce e piccolo che abbatte i bombardieri nemici. Separato dai suoi amici, Shuji vaga tra le macerie—finché non si imbatte in Chise; qui lei ha ali di metallo e armi—apparentemente impiantate nel suo corpo. Le dice che è diventata l'arma definitiva, senza la sua conoscenza o consenso, e che è vista dalle Forze di Autodifesa del Giappone (JSDF) come l'ultima speranza per difendere il Giappone. L'amore tra Chise e Shuji sboccerà anche se Chise perde lentamente la sua umanità e diventa più un'arma che un essere umano?