Sakura Wars è un RPG strategico che presenta un sistema narrativo unico basato su simulazioni. Esiste una trama approfondita, simile a quella di qualunque altro RPG; tuttavia il destino del giocatore nel gioco non è predeterminato. L'interazione tra i personaggi gioca un ruolo centrale, e le tue risposte ai vari personaggi del gioco possono alla fine modificare il contenuto della storia e persino l'esito finale. Il sistema di combattimento è diviso in due parti principali: combattimento a terra e combattimento aereo. Il combattimento a terra avviene usando esoscheletri meccanizzati bipedi, che si trasformano in caccia jet per portare la lotta nel cielo. Ogni unità mech nel gioco può trasformarsi dalla modalità mech da battaglia a quella caccia jet durante il combattimento. Una volta trasformate, anche le armi e i metodi di movimento cambieranno. Ad esempio, la modalità terrestre dell'eroe usa una spada come arma principale, ma in modalità jet userà missili a lungo raggio.