Phantasy Star è ambientato nel sistema stellare Algol, che comprende tre pianeti: la Palma rigogliosa e verde, Motavia arida e deserta e Dezoris ghiacciata e desolata. Algol è governato dal Re Lassic, che, pur essendo originariamente benevolo, diventa un tiranno crudele e sociopatico. Dopo una serie di dure trasformazioni politiche, piccoli gruppi di ribelli emergono, ma sono per lo più inefficaci contro la ferrea tirannia di Lassic. Uno di questi ribelli, di nome Nero, viene ucciso dalle forze di Lassic, e sua sorella Alis giura vendetta. Alis forma una squadra di avventurieri che comprende un guerriero di nome Odin,[b] un mago di nome Noah,[c] e una creatura simile a un gatto di nome Myau. Insieme, intraprendono un'avventura che si estende sui tre pianeti, incontrando gli abitanti del posto, affrontando nemici e trovando oggetti speciali che li aiuteranno nella lotta contro Lassic. Alla fine, il gruppo affronta e sconfigge Lassic; poi una voce eterea li invita a tornare a Motavia. Lì incontrano una forza ancora più maligna, Dark Falz, e dopo averlo distrutto, riportano finalmente la pace nel sistema Algol.