In questa puntata della serie Serious Sam, Sam affronta un nuovo arcinemico "Mini Sam", un malvagio clone dell'eroe Sam "Serious" Stone. Mini Sam ha preso il controllo del timelock e sta viaggiando nel tempo cancellando antiche civiltà — ed è compito di Serious Sam fermarlo. Il gioco accompagna il giocatore attraverso oltre 40 livelli in tre ambientazioni storiche: Ancient Rome, Feudal China e Legendary Atlantis. La versione PS2 include il multiplayer online fino a otto giocatori tramite l'adattatore a banda larga e permette due giocatori su una PS2, mentre la versione GC consente a quattro giocatori di sfidarsi su un unico GameCube. Le modalità multiplayer competitive includono Deathmatch, Hold the Flag e Pass the Bomb. L'intera campagna per giocatore singolo può essere giocata in cooperativa, permettendo a due giocatori di aiutarsi a fronteggiare le feroci armate di Mental e Mini-Sam.