Il gioco ha otto livelli, ognuno dei quali è suddiviso in due sezioni e con boss lungo il percorso. Il sistema di controllo permette di scattare, attaccare, saltare e lanciare shuriken. È inoltre presente una funzione di lock-on. Va notato che il gioco presenta anche alcune caratteristiche nascoste, come tenere premuto Attacco durante il lock-on per eseguire un attacco caricato, eseguire un doppio salto e lanciare shuriken per creare una raffica di shuriken, e un calcio stordente premendo giù e Attacco mentre si è in lock-on. Gli obiettivi principali dei livelli sono uccidere. Non è richiesto raccogliere oggetti, tuttavia i rotoli ninjutsu possono tornare utili, e alcuni livelli richiedono che Hotsuma rompa pilastri di pietra per proseguire. Shinobi contiene anche caratteristiche di combo. Una di queste caratteristiche è chiamata uccisione "tate", per cui se i nemici vengono uccisi in una catena, verrà avviata una cutscene che elimina tutti i nemici contemporaneamente e lascia cadere più Yin per la tua lama. L'altra caratteristica è che, man mano che Hotsuma uccide con la sua lama maledetta "Akujiki", la spada cambia colore per indicare moltiplicatori di danno differenti.