Sono passati diciassette anni dagli eventi del primo gioco, e Heather Mason, la bambina che l'Incubator aveva affidato ad Harry Mason alla fine del primo gioco, è ora una ragazza adolescente. Harry ha preso Heather sotto la sua cura per allevarla come sua figlia. Un bel giorno, Heather va a fare shopping ma all'improvviso viene catapultata in una strana realtà alternativa piena di immagini demoniache e mostri contorti. Lei sente dei passi; mostri disgustosi e inquietanti la attaccano e lei deve difendersi. Heather scopre rapidamente che gli eventi che si svolgono intorno a lei hanno qualcosa a che fare con il suo passato. Esplorando la tetra città di Silent Hill, deve trovare un modo per fuggire.