Il gioco inizia con Falcon che irrompe in un giro di contrabbando di droga in un porto. Si batte anche contro Cobra ancora una volta. Il motivo per cui Falcon collabora con il Colonnello dei Marines Robert è che i terroristi hanno rapito il ricercatore di clonazione Dottor Scott e sperano di usare quella clonazione per mettere in atto un piano di genocidio. L'obiettivo di Falcon è catturare le cellule terroristiche. Per prima cosa si dirige verso un laboratorio di ricerca per salvare gli ostaggi destinati a lavorare con il Dottor Scott e affronta un assassino volante di nome Mosquito. I terroristi cercano di riconquistare le armi che erano state sequestrate al porto e portate al largo, ma Falcon interviene e abbatte un aereo armato pilotato da Smith. Poi si infiltra in un casinò usato dai terroristi come copertura per operazioni di contanti. Falcon deve anche affrontare il proprietario del casinò, Shaker. I terroristi cercano poi di far saltare una diga, portando con sé un mercenario chiamato Bull. Il Colonnello Robert sente anche che ci sono profitti legati al petrolio, poiché i terroristi stanno trivellando per esso. Falcon chiude l'operazione e affronta un altro tiratore scelto chiamato Ray. Le armi che sarebbero state esportate sono state prodotte in un opificio siderurgico che è stato conquistato dalla banda terroristica. Il cecchino si infiltra e cattura la fabbrica, poi affronta un assassino lanciagranate chiamato Charly.