Due anni dopo aver sconfitto Clockwerk, Sly Cooper irrompe nel Museo di Storia Naturale al Cairo per rubare le parti di Clockwerk e distruggerle per porre fine una volta per tutte alla sua minaccia contro la famiglia di Sly, ma scopre che le parti sono già sparite. L'ispettore Carmelita Montoya Fox e il suo nuovo partner, Constable Neyla, lo affrontano, ma lui scappa prima che Carmelita e Neyla possano arrestarlo. Prima di fuggire, Sly sente Neyla suggerire che la prova indichi in realtà che la Klaww Gang abbia rubato le parti per proprio uso. La Cooper Gang si dirige a Parigi, dove il primo membro della Klaww Gang, Dimitri, usa le piume della coda di Clockwerk come piastre da stampa per creare denaro contraffatto. Sly e la banda chiudono l'operazione e Dimitri viene arrestato dall'Interpol. La banda poi si dirige in India, dove il secondo membro della Klaww Gang, Rajan, mette in mostra le ali di Clockwerk durante un ballo che ospita. Rajan è anche il capo di un sindacato criminale locale che coltiva e vende la "spice", una pianta illegale originaria della giungla indiana. Presente al ballo ci sono anche gli altri membri della Klaww Gang e diversi agenti dell'Interpol in incognito, tra cui Carmelita e Neyla. La banda ruba le ali di Clockwerk proprio al centro della sala da ballo, mentre un Sly travestito crea una distrazione danzando con Carmelita. Dopo che la Cooper Gang scappa con le ali di Clockwerk, Carmelita rivela la sua copertura e inizia ad arrestare i sospetti. La Klaww Gang fugge dalla scena, e Rajan si nasconde da qualche parte nel profondo della giungla. La banda lo rintraccia nel suo impianto di coltivazione della spezia in un lungo tempio abbandonato, dove usa metà del cuore di Clockwerk per irrigare in modo intensivo le sue colture di spezie. Porta l'altra metà del cuore all'estremità di un bastone che porta sempre con sé. La banda ruba entrambe le metà del cuore e mette fuori uso Rajan, ma Carmelita, Neyla e la Contessa arrivano. Neyla incastra Carmelita sostenendo che abbia lavorato con la Cooper Gang nella notte in cui sono state rubate le ali di Clockwerk. Lei tradisce la Cooper Gang e mette Sly, Murray e Carmelita sotto arresto.