Sly Cooper proviene da una lunga stirpe di maestri ladri (il Clan Cooper) che rubano solo ad altri criminali, rendendoli così vigilanti. L'eredità della famiglia Cooper, un antico libro chiamato The Thievius Raccoonus, registra tutte le mosse e le tecniche segrete di ogni membro del clan. Nel giorno del suo ottavo compleanno, Sly avrebbe dovuto ereditare il libro e imparare tutti i segreti antichi della sua famiglia, che avrebbero dovuto aiutarlo a diventare un maestro ladro; tuttavia, un gruppo di teppisti chiamato "The Fiendish Five" (guidato da Clockwerk, che è l'arci-nemico della famiglia) attacca la casa dei Cooper, uccide i genitori di Sly e ruba tutte le pagine del The Thievius Raccoonus. Dopo di che, la banda spietata va per le loro strade separate per commettere crimini efferati in tutto il mondo. Sly viene affidato a un orfanotrofio dove incontra due ragazzi che diventano i suoi migliori amici per tutta la vita: Bentley, tecnico, inventore e abile hacker matematico con una conoscenza enciclopedica che fa da cervello della banda, e Murray, un enorme tipo husky, molto codardo, con un appetito enorme, che svolge il ruolo di muscoli e autista di fuga della banda. I tre lasciano l'orfanotrofio insieme all'età di 16 anni per iniziare la loro vita diventando criminali vigilanti internazionali insieme, chiamandosi "The Cooper Gang". Sly giura che un giorno vendicherà la sua famiglia e rintraccerà The Fiendish Five per riappropriarsi del The Thievius Raccoonus. Due anni dopo, la Cooper Gang si dirige a Parigi, in Francia, per infiltrarsi in Itnerpol (la sede della polizia) al fine di trovare il file segreto della polizia che contiene dettagli e informazioni sui Fiendish Five, ma durante la rapina vengono assaliti dall'Ispettore Carmelita Fox (verso la quale Sly sviluppa un'attrazione romantica), un ufficiale di polizia affiliato con Interpol e che è sulle tracce della Cooper Gang. La banda riesce a rubare il file della polizia e a fuggire con successo da lei e dal resto delle forze dell'ordine. Con il file segreto finalmente tra le loro mani, la Cooper Gang riesce a rintracciare i Fiendish Five.