I Babylon Rogues recuperano un Ark of the Cosmos, uno dei cinque artefatti in grado di controllare la gravità, con l'intento di usarli tutti per alimentare il motore di curvatura di Babylon Garden. Altri Arks cadono dal cielo, e uno di essi colpisce la Crimson Tower di MeteoTech. Di conseguenza, i robot all'interno impazziscono e danno inizio a una rivolta globale. Sonic, che viaggia con Tails e Knuckles, ne trova una tra gli Ark. Viene attaccato dai robot, ma usa il potere dell'Ark per sfuggire. Mentre è inseguito, il trio si imbatte in Amy, che ha trovato anche lei una delle Ark. I quattro si dirigono verso MeteoTech per indagare, dove incontrano i Rogues, e Storm insegue Amy nel tentativo di prendere la sua Ark. Gli altri si avventurano più dentro, dove scoprono il proprietario della compagnia, Doctor Eggman. Eggman rivela che uno dei robot, SCR-HD, è stato colpito dall'Ark che ha colpito Crimson Tower, conferendogli coscienza e leadership sugli altri robot. I robot ora cercano di ottenere tutti i cinque Ark, uno dei quali Eggman usò per alimentare il computer madre che controlla MeteoTech. Amy consegna l'Ark of the Cosmos a Storm, ma i due vengono attaccati da un robot. Esplode improvvisamente e Storm trova un'altra Ark dentro, e parte per trovare Jet. Eggman ruba gli Ark dei Rogues e si ritira verso la Crimson Tower, pianificando di usarlo per controllare tutti i robot del mondo, con i Rogues all'inseguimento. Sonic e gli altri salvano Amy e si dirigono verso la Crimson Tower per spegnere il computer madre. Lì incontrano i Rogues, e Jet sfida Sonic in una gara finale, con il vincitore che ottiene tutti gli Ark. I due irrompono nella torre e riprendono gli Ark, spegnendo tutti i robot. La risonanza degli Ark richiama la Babylon Garden, e Sonic consegna i propri Ark a Jet. Prima che possano partire, SCR-HD appare e ruba gli Ark of the Cosmos, tornando a Babylon Garden. SCR-HD attiva gli Ark, rivelando una navicella spaziale antica all'interno di Babylon Garden, creando un enorme buco nero capace di distruggere il pianeta e trasformarsi in un mostruoso robot chiamato Master Core ABIS. Eggman scappa mentre gli eroi e i Rogues si dirigono verso la nave e sconfiggono ABIS con Gravity Dives, spegnendo gli Ark e fermando il buco nero, lasciando la nave in deriva in orbita. In seguito, Tails ipotizza che gli antenati dei Babilonesi fossero alieni che persero il controllo della loro nave, rilasciando gli Ark in orbita per spegnerla prima di un crash, sperando che gli Ark un giorno tornino in superficie così da poter tornare sul loro pianeta natale. Jet arriva e sfida Sonic, che accetta con piacere.