Stella Deus si svolge in un mondo chiamato Solum, che sta lentamente venendo inghiottito dal "Miasma", una sostanza simile a una nebbia che distrugge ogni vita che tocca. Di fronte a questa apocalisse che avanza, diversi gruppi hanno sviluppato risposte. Aeque Church, guidata dall'Alta Sacerdotessa Lumena, ritiene che il Miasma sia la volontà di Dio, inviata per porre fine al mondo, non con un botto, ma con un sussurro. Un signore della guerra, Dignus, ha iniziato a devastare la campagna con i suoi eserciti, imponendo la legge della giungla: chi non combatte per la propria vita non merita di vivere. E infine, un alchimista chiamato Viser sta usando il patrocinio di Dignus per dare la caccia agli Spiriti del mondo (creature poligonali la cui natura è sconosciuta), prosciugando la loro forza vitale per alimentare le sue invenzioni alchemiche, delle quali è convinto salveranno il mondo. Suo amico e luogotenente, Spero, è il protagonista del gioco. Spero deve farsi strada attraverso questa melmosa situazione politica e vedere se riuscirà a salvare Solum.