La trama di Strawberry Panic! ruota attorno alle vite degli adolescenti che frequentano una delle tre scuole femminili affiliate che condividono un campus e un dormitorio. Le scuole sono: St. Miator's Girls' Academy, St. Spica's Girls' Institute e St. Lulim's Girls' School. Ci sono dodici personaggi sui quali ruota la storia, quattro in ciascuna scuola. Il personaggio principale della storia è Nagisa Aoi, una giovane ragazza che sta entrando nel suo quarto anno a St. Miator dopo essere stata trasferita da un'altra scuola. Appena entra per la prima volta nel recinto del campus è sopraffatta dalla gioia per l'aspetto complessivo dell'area circostante, ma la sua gioia presto si trasforma in tristezza quando inciampa accidentalmente giù per una collina, perdendosi e disorientandosi. Mentre cammina per i terreni cercando di capire dove si trovi, Nagisa incontra una studentessa più grande di nome Shizuma Hanazono, che risulta essere l'Etoile di Astraea Hill, una figura molto importante che funge da rappresentante tra le diverse scuole e ha compiti specifici da svolgere. Nagisa è immediatamente sopraffatta dalla bellezza di Shizuma e, dopo che Shizuma le dà un bacio sulla fronte, Nagisa perde conoscenza e si risveglia nell'infermeria della scuola. In una sedia adiacente c'è un'altra ragazza della stessa età, Tamao Suzumi, che la informa che saranno coinquiline nel dormitorio.