La giocabilità è l'azione standard di Puzzle Bobble, ma con caratteristiche portate dall'edizione arcade di Super Puzzle Bobble, come bolle giganti e piccole (con l'unica eccezione del co-op). Le versioni per GameCube al di fuori del Nord America sono una versione successiva del gioco e includono modalità bonus chiamate "Shoot Bubble" che si giocano in modo simile a Space Invaders e "4P Battle" dove fino a quattro giocatori completano per primi il proprio rompicapo rispetto agli altri.