Game: Syphon Filter: The Omega Strain Il gioco inizia a Carthage, Michigan, quando Imani Gray e quattro reclute IPCA vengono inviate per localizzare Lawrence Mujari ed eliminare la minaccia della French Anarchiste Liberation Army (ALA). Gabriel Logan e Lian Xing indagano in Uganda, e Gary Stoneman indaga in Italia. Gli agenti IPCA ostacolano i piani dell'ALA. Mujari si è ristabilito ed è sotto cure mediche. Nel frattempo, Stone scopre che Cosa Nostra vuole recuperare il virus per usarlo come strumento nelle guerre mafiose. Stone parte per una missione a Pescara per assassinare il capo mafioso, Dimitri Alexoupolos. L'assassinio di Dimitri impedisce a una famiglia mafiosa di accedere a Syphon Filter.