La storia segue Kyle Dunamis, un giovane ragazzo che sogna di diventare un grande eroe come suo padre Stahn, l'eroe del primo gioco. Quando Kyle parte un giorno per i ruderi locali insieme al fratello adottivo Loni, nella speranza di ottenere una lente gigantesca che aiuterà a finanziare l'orfanotrofio di sua madre Rutee, incontra Reala, una misteriosa ragazza che sostiene di essere alla ricerca di un eroe. La determinazione di Kyle nel dimostrare di essere proprio l'eroe che Reala sta cercando lo conduce in conflitto con la apparentemente benevola Setta Fortuna, e lo trascina in un viaggio selvaggio nel tempo che lo mette in contatto con molte figure di rilievo del primo gioco. Anche le scenette, per le quali la serie è ormai famosa, tornano, con personaggi rappresentati in queste sequenze da ritratti a corpo intero per la prima volta nella serie. Questi ritratti, insieme al resto dell'arte dei personaggi del gioco, sono curati da Mutsumi Inomata, che torna nella serie dopo il suo lavoro su Destiny e Eternia. Lo stile distintivo di Inomata, facilmente identificabile dai lunghi arti snelli dei suoi personaggi e dalla moda non convenzionale, non è di gusto per tutti, ma diversi personaggi del gioco hanno goduto di una popolarità duratura tra i fan della serie, classificandosi all'interno delle liste ufficiali dei personaggi più popolari della serie e facendo apparizioni anche in altri media.