Nell'Episodio 1, le tartarughe iniziano a salvare un anziano a New York City dai Triceratons sadici. Dopo aver distrutto tre trasportatori che schierano l'esercito dei Triceratons, le tartarughe vanno sottoterra per raggiungere Central Park per salvare i loro amici Casey Jones e April O'Neil. Mentre si trovano nel parco, Leo, Raph, Mikey e Don difendono dai Triceratons e il Professor Honeycutt, identificato come il Fugitoid, salvato da TMNT 2 Battle Nexus, aiuta le tartarughe a scoprire dove Casey Jones e April O'Neil sono tenuti prigionieri. Entrando nella base dei Triceraton, Zaranmon, comandante in capo dei Triceratons, mobilita un robot nel tentativo di fermare le Tartarughe e Traximus. Il tentativo di Zaranmon è un fallimento e Traximus distrugge una sedia per cambiare le sorti del loro clan. Nell'Episodio 2, le tartarughe scoprono una nuova tecnologia proveniente da Baxter Stockman, mentre i Mousers infiltrano la fognatura causando un dolore intenso alle orecchie di Maestro Splinter. Mentre proteggono il loro maestro, le tartarughe ninja respingono i Mousers rimanendo vicine a lui. Tuttavia, Maestro Splinter finisce catturato e le tartarughe usano hovercraft per inseguire un furgone in movimento. Vengono presto bloccate da una coppia di nemici, uno alto e uno basso, per un'imboscata. Una volta superate, le tartarughe riprendono la loro missione di salvataggio per Maestro Splinter, finendo per combattere contro Bishop, e poi dovendo usare shuriken per spezzare una serratura e liberarlo. Nell'Episodio 3, le Tartarughe incontrano ogni membro della Foot Clan durante le missioni. Hun, Karai e Oroku Saki, l'identità umana di Shredder, cadono di fronte alle tartarughe. Verso la battaglia finale con Saki, egli viene potenziato a Mega Shredder. Le ninja tartarughe lo sconfiggono e poi vengono convocati dinanzi al consiglio Utrom per un tribunale. Scherel, l'Utrom che controlla il corpo di Shredder, è accusato di crimini ingannevoli ed esiliato su un pianeta ghiacciato, mentre Karai e gli altri vengono consegnati alle autorità, mentre termina il gioco principale. Nel capitolo Nightmare, ciascuna delle tartarughe sogna e affronta vari boss. Completare la maggior parte delle missioni in questo capitolo porta al boss finale del gioco, Ultimate Drako. Per utilizzare i rotoli gembu per attivare le forme Ultimate Turtle, il giocatore deve raccogliere rotoli e altri contenuti in Modalità Free Battle.