Dopo che il Signore Mei-Oh fu sconfitto in Tenchu: Stealth Assassins, Rikimaru rimase nella fortezza del Signore Mei-Oh portando una gigantesca roccia per fornire una via di fuga ad Ayame e alla Principessa Kiku. Sembra essere intrappolato e lasciato per morto. Ayame infilò la spada di Rikimaru, "Izayoi" (si vede che brandisce questa spada nella sequenza CG di apertura di Wrath of Heaven) nella neve come un monumento al suo compagno ninja, ormai considerato morto. Un anno dopo, Rikimaru riferisce al Signore Gohda di essere riuscito a sopravvivere a questa esperienza quasi mortale; inavvertitamente, però, il vero Rikimaru è intrappolato nel XX secolo, cercando un modo per tornare al loro tempo. La trama del gioco si svolge in modo diverso a seconda del personaggio scelto, ma si intreccia in determinati punti. La storia ruota principalmente attorno al ritorno di Rikimaru e alla lotta per i Tre Gioielli, che si dice conferiscano potere a chi li possiede. Questi sono i Gioielli del Cielo, della Terra e della Virtù. Tenrai, un malvagio mago che vuole mettere le mani su di essi, comanda una sua banda di uomini per prendere i Gioielli da chi li possiede. Tuttavia, incontrando Rikimaru, sembra interessato al suo potere e cerca di convincerlo a unirsi alle sue truppe. Rikimaru rifiuta, e lui e Ayame affrontano ciascuno di loro. Uno degli uomini nell'arsenale di Tenrai è Onikage, che lo serve solo per perseguire il suo piano di riportare in vita Mei-Oh (il suo vecchio maestro) e Tatsumaru (l'ex leader del Clan Ninja Azuma che Tenrai ha riportato in vita). Rikimaru e Ayame seguono Tenrai nella sua fortezza per impedirgli di distruggere il mondo usando il potere ottenuto da due dei Gioielli. Se potrà essere sconfitto, la pace tornerà nel territorio di Gohda.