The Incredibles: Rise of the Underminer continua la storia dal primo film della Pixar, seguendo Mr. Incredible e Frozone mentre inseguono l'Underminer attraverso tunnel sotterranei per impedire il suo piano di dominazione mondiale. I giocatori possono passare tra i due supereroi o fare squadra in modalità cooperativa, con ogni personaggio che offre abilità distinte che si evolvono nel corso della campagna. Mentre i protagonisti principali si addentrano nel sottosuolo, il resto della Incredible family si occupa delle minacce di superficie, creando trame parallele che espandono l'universo del film.