Magician's Academy ruota intorno a Takuto Hasegawa, che frequenta una scuola di magia che non è indicata su nessuna mappa. Durante un esame di incantesimo di evocazione, crea per caso una ragazza di nome Tanarotte, che possiede una potenza magica tale da distruggere il suo paese, ma fortunatamente Tanarotte professa una fedeltà eterna al suo «creatore». L'universo è suddiviso in tre mondi: Heaven, Human World (Earth) e Demon realm. Gli Dei e i Demoni non vengono visti litigare tra loro nel mondo umano e cercano di tenere segreta la loro esistenza agli esseri umani. Il mondo umano è solo fonte di intrattenimento e illuminazione sia per i demoni sia per gli dei, al punto di contrabbandare beni umani in entrambi i regni.