Il gioco inizia nell'anno 2401, quando Sergeant Cortez e Corporal Hart vengono inviati su una stazione spaziale infestata dai TimeSplitters, dove è in costruzione un portale temporale. Il loro obiettivo è recuperare i Cristalli del Tempo. Tuttavia, prima che possano raggiungerli, i TimeSplitters li trascinano in diversi periodi temporali del passato. Devono essere seguiti e i Cristalli del Tempo devono essere recuperati.