Nel 2010, Shockwave, che è diventato scontento della leadership abusiva di Galvatron, scopre lo Zel Quartz sul Zel Samine. Rendendosi conto che è una fonte di energia ancora più potente del Cuore di Cybertron, Shockwave impianta il Quartz in sé. Lancia un colpo di stato di un solo robot e diventa il leader dei Decepticons... finché il sovraccarico di potenza non brucia i suoi sistemi e lui va in malfunzionamento, scatenandosi. Distrugge gran parte di entrambe le armate Autobot e Decepticon e alla fine distrugge Cybertron stesso prima di mettersi in viaggio per radere al suolo molti pianeti innocenti. Incapaci di fermare Shockwave nel presente, Rodimus Prime si allea con i Quintessons per inviare un reparto d'elite indietro nel tempo per distruggere il Quartz prima che Shockwave lo scopra. Nel 2003, sia gli Autobot sia i Decepticon rilevano un'esplosione causata dall'arrivo di visitatori dal futuro sopra Zel Samine e inviano squadre per indagare. Entrambe le parti perdono contatto con le loro squadre. Gli Autobot inviano un'altra squadra composta da Optimus Prime, Wheeljack e Jazz per indagare, ma la loro navetta si schianta, e Wheeljack apprende che un'anomalia nel sole di Zel Samine provoca malfunzionamenti dei sistemi elettromeccanici e li prosciuga della loro energia. Anche i Decepticon inviano Soundwave e Starscream (con Megatron che arriva in seguito per mezzo della Space Bridge, un viaggio molto accidentato). La Space Bridge si guasta, provocando danni significativi alla nave Decepticon. I Decepticon attirano gli Autobot lontano dal loro shuttle per rubare la loro scorta di energon e usarla per riparare il loro shuttle. Successivamente, entrambe le parti si fronteggiano su una serie di fonti di energia locali, tra cui l'impianto eolico sul Monte Jaad, la Ranpas Geothermal Power Plant e la Monogan Hydroelectric Power Station. Lungo la strada, entrambe le parti incontrano membri dei loro team di ricognizione scomparsi. Entrambe le fazioni incontrano anche i loro omologhi provenienti dal futuro: gli Autobot Rodimus Prime, Kup e Arcee; e i Decepticon Galvatron, Cyclonus e Scourge. Galvatron rivela la sua identità a Megatron, ma gli mente sullo Zel Quartz, sostenendo di governare l'universo nel futuro e che esso è parte di un'arma di Autobot di fine mondo che deve essere distrutta. In cerca di indizi di oggetti che potrebbero essere lo Zel Quartz, entrambe le parti si scontrano sul Jewel of Mystery al Lazalt Ruins, un minerale ultraduro in una punta di trapano presso la miniera di Karzite, e una gigantesca formazione di cristallo nella miniera di gemme di Atalstan. Nessuno di quegli indizi porta a nulla, ma l'archivio centrale del pianeta contiene un riferimento a una "Zel Stone" che fa parte della ELTA power transmission array, corrispondendo esattamente alle descrizioni della Zel Quartz. Entrambe le parti organizzano un confronto climatico a ELTA (che viene distrutta o rimane intatta, a seconda del vincitore) per catturare il Quartz. Dopo che la battaglia è terminata, Starscream, che ha ascoltato di nascosto Galvatron e Cyclonus discutere della vera natura dello Quartz, irrompe per rubarlo per sé, lanciandosi nello spazio con esso. Ignaro di Starscream, la struttura fisica del quarzo richiede le proprietà atmosferiche ed elettromagnetiche di Zel Samine per mantenere la sua integrità. Poiché è fuggito nello spazio invece di installare il Quartz sul pianeta come aveva fatto Shockwave (e quindi proteggerlo), il Quartz si degrada immediatamente e diventa privo di potenza. All'esterno dell'atmosfera, esposto agli effetti della stella di Zel Samine senza il potere del Quartz a proteggerlo, Starscream vaga senza potere, lasciato a contemplare i propri errori. La loro linea temporale è stata evitata, i futuri Autobot e Decepticon svaniscono in scintille di luce, e Optimus Prime e Megatron restano a riflettere su ciò che hanno imparato dall'esperienza.