Sebbene sia essenzialmente un remake della versione originale per PlayStation di Wild Arms, Alter Code F porta un gameplay migliorato, grafica migliorata e una storia ampliata sulla PS2. I giocatori prendono il comando di tre improbabili compagni in un mondo surreale e desolato chiamato Filgaia. Il giovane orfano Rudy ha una capacità unica di legarsi fisicamente agli 'ARMs', o 'Ancient Relic Machines', che sembrano essere stati lasciati indietro da una civiltà dimenticata. La principessa in fuga Cecelia può comandare forze magiche, e lo spadaccino Jack è abile in diversi mestieri. Questi tre 'Dream Chasers' cercano la loro fortuna nella campagna implacabile, e potrebbero finire per salvare l'intero mondo nel frattempo. L'avventura di ruolo comprende l'esplorazione del mondo aperto e intense esplorazioni di dungeon. Wild ARMs: Alter Code F è compatibile con l'hard disk della PlayStation 2, quindi i giocatori veterani di PS2 con una console di vecchio modello e l'accessorio disco rigido possono caricare il grande programma di gioco su due DVD su disco per diminuire i tempi di caricamento.