WipEout Fusion è un gioco di corse futuristico con elementi d'azione. Si gareggia nella F9000 Anti-Gravity Race League, guidando hovercraft e talvolta usando armi contro gli avversari per ottenere la vittoria. Come WipEout 3, il gioco include modalità singola e di campionato, nonché una modalità a due giocatori con schermo diviso. La modalità singola (chiamata Arcade) serve per sbloccare nuove piste. La modalità Sfide di WipEout 64 torna con alcune migliorie: ogni squadra ha il proprio set di sei sfide, che devono essere completate con una medaglia per sbloccare la successiva. Una nuova modalità Zone richiede ai giocatori di percorrere quanti più loop possibile su una pista, aumentando costantemente la velocità. Un'altra nuova caratteristica di WipEout Fusion sono gli aggiornamenti dei hovercraft. A seconda delle loro prestazioni, i giocatori ricevono crediti dopo le gare, utilizzabili per aumentare velocità, spinta, potenza delle armi, resistenza dello scudo, stabilità laterale e forza frenante del veicolo. I veicoli aggiornati possono essere usati in qualsiasi altra modalità di gioco, ad eccezione della modalità Sfide.