La terza incarnazione della serie Pro Evolution Soccer, con grafica migliorata e una Master League più ampia, era suddivisa in quattro zone, ciascuna con due divisioni e competizioni a coppa. A parte la maggior parte delle squadre italiane, i nomi dei club, così come molti giocatori, sono fittizi. Tuttavia, il gioco dispone di una modalità di modifica migliorata, che permette ai giocatori di modificare il nome della squadra, la bandiera, il logo, le maglie della squadra e lo stadio. Il sistema shop può sbloccare funzionalità nascoste come le squadre classiche. Il gioco include anche una modalità allenamento e una modalità sfida, in cui i giocatori devono dribblare tra i coni il più velocemente possibile. Le replay possono essere accelerate e riavvolte, e la visualizzazione può essere ruotata. È stata implementata la regola del vantaggio, quindi un fallo interrompe il gioco solo se la squadra che subisce il fallo ne subisce le conseguenze.