Shion sta eseguendo gli ultimi test su KOS-MOS a bordo del Woglinde quando l'equipaggio recupera un Zohar Emulator, una delle tredici repliche dello Zohar. Cherenkov monitora i progressi di Shion, ma è anche una spia U-TIC che avanza il loro obiettivo di trovare lo Zohar originale. Dopo il recupero dello Zohar Emulator, il Woglinde viene attaccato dai Gnosis. KOS-MOS si auto-attiva e protegge la squadra di Shion, uccidendo Virgil con fuoco amico nel tentativo di salvare Shion e Allen. KOS-MOS li porta a bordo dell'Elsa, che si dirige verso la loro destinazione, Second Miltia. Quando un Gnosis attacca, la capacità di Chaos di disperderli salva la vita di Cherenkov. L'attacco inizia a mutare Cherenkov, tormentandolo con visioni del suo passato da soldato che non è riuscito ad adattarsi alla vita civile e ha ucciso molte persone, tra cui sua moglie. Durante questi periodi, Shion diventa preoccupata per il comportamento di KOS-MOS, e Allen teme per lo stato emotivo di Shion. Parallelamente a questi eventi, il cyborg Ziggy viene inviato a salvare la Realian MOMO dall'U-TIC, poiché i dati memorizzati al suo interno potrebbero aprire la via al pianeta originale Miltia, perduto in un disastro per il quale il creatore di MOMO, Joachim Mizrahi, è ritenuto responsabile. Ziggy salva MOMO e sfugge per un pelo, respingendo gli attacchi di Margulis. Albedo, che lavora con U-TIC per i propri scopi, parte all'inseguimento di MOMO.